Enstitümüz, 02.08.2024 tarihli ve 32620 sayılı Resmî Gazetede yayımlanan 01.08.2024 tarihli ve 8785 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararı ile Fen Bilimleri Enstitüsü, Gönen Jeotermal Enstitüsü, Sağlık Bilimleri Enstitüsü ve Sosyal Bilimler Enstitüsü'nün kapatılarak Balıkesir ili Bandırma ilçesinde Bandırma Onyedi Eylül Üniversitesi bünyesinde Lisansüstü Eğitim Enstitüsü adı ile kurulmuştur. Enstitümüz üniversitemizin diğer kurumları gibi Balıkesir Üniversitesinden devir alınan eğitim-öğretim geçmişi ile önemli bir deneyime sahiptir. Bandırma Onyedi Eylül Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü adı ile 2024-2025 Eğitim-Öğretim yılı Güz döneminde 37 Anabilim dalında 15 Doktora, 47 Tezli Yüksek Lisans ve 14 Tezsiz Yüksek Lisans toplam 76 program  ile akademik faaliyetlerine başlamıştır.